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本會創立於民國四十二年六月一日，當時名稱為「高雄市儀器化工原料商業同業公會」。經過五屆至民國五十二年五月依照商業團體改進方案，於同年八月三十一日召開第六屆第一次會員大會，與化工業分開獨立為儀器商業同業公會。也因此自此屆起重新改稱為第一屆，並共歷經七屆十六年，至民國六十八年高雄市昇格為院轄市，於同年十二月十二日召開之會員大會，再稱為改制後的第一屆。
本會自創辦迄今數十年,會歷在本市人民團體組織中可算得上資深。會員所轄公司經營項目為醫療、醫學、理化、科學、分析、量測、教學、檢驗、氣象、工業、環保、度量衡器、光學、電子、耗材、美容、製造儀器等，可謂包羅萬象。舉凡各類儀器、器材、週邊設備等，皆屬本會會員公司之經營範圍。
蒙各屆理事長領導有方，理監事衷心為公會盡力，如民國五十四年獨立後第二屆實施公會基金籌募方法，為公會基金積存制度奠下基石；改制後第二屆創辦會員子女獎學金制度，以鼓勵會員子女努力向學；繼之第三屆亦花費心血將自民國四十二年創會以來之破舊會員會籍資料逐一重新編冊建立新資料卡等，在在均使本會會務發展日趨完善。
第四屆更在全體理監事的熱心努力下，於八十年四月舉辦「第一屆高雄國際儀器展」，並將其盈餘再加上會員及外埠同業先進踴躍樂捐，使公會得以順利購置會館並有能力聘請專任會務人員，到八十年底因會員數已超過三百家，依章程得改採會員代表制，辦理首次會員代表選舉。
第五屆通過常年會費收取辦法，使公會有固定收入得以全力發展會務，八十一年公會全面電腦化，便利會員換證，同時積極與國內外友會交流，為會員提供最新資訊，每年組團赴日參觀儀器展，與日方建立深厚情誼。
第六屆更因會務健全, 積極為會員服務，於八十四年獲市政府評定為「優等公會」，八十六年在內外條件均不理想狀況下，毅然沿續傳統舉行了第三屆高雄國際儀器展，並蒙當時高雄市吳敦義市長蒞臨祝賀。
第七屆遇九二一大地震，公會樂捐參拾萬元，當屆理監事樂捐貳拾萬元，合計伍拾萬元交予市政府社會局。並於八十七年再度入選市商會「績優公會」，八十九年市政府評定為「甲等團體」，五、六年間本會能於全市近千個人民團體中，二度獲主管機關肯定，實是全體會員之榮耀。
第八屆於九十年二月成立，由徐王明華女士擔任理事長，她對能擔任二十一世紀第一任理事長深感榮幸,對該屆只有一個希望「新世紀、新思維、新作為」，期待公會於二十一世紀也能有更新的風貌，九十二年適逢公會五十週年，舉辦系列週年慶活動、編印50週年特刊，並於「大高雄世貿廣場」舉辦2003高雄國際儀器展。
第九屆於九十三年二月二十日產生，由王世洪先生擔任理事長，本屆理監事添了許多新血，期盼能為公會帶來更多的衝勁、更多活力，始能對會員先進有更好的服務品質，九十五年在「國立科學工藝博物館展示廳」舉辦2006年第五屆高雄國際儀器展。
第十屆於九十六年三月九日的會員大會正式成立，選出本屆新任理監事，由曾賜堂先生擔任理事長，本屆又網羅了多位理監事新秀精英，使公會又有新氣象、新活力，除了原有的良好服務品質外，特別推動會員全面E化，如e-mail、網站，逐漸減少傳真與郵寄。九十六年七月公會網站正式開站對外公開，介紹本會沿革，歷任理事長、理監事以及全體會員資料和營業項目。對會員的公告事項也鋪上網站，也將相關單位對於會員有關的資訊、講習、國外展覽等等隨時更新公告於網站，使本會會員與公會的互動進入一個嶄新的紀元。九十八年起會費由月繳200元修改為年繳2500元。 九十八年三月十九至二十一日於國立科學工藝博物館展示廳，舉辦「09’第六屆高雄國際儀器展」；十一月榮獲高雄市商業會頒發績優公會與績優理事長、總幹事獎；九十九年一月響應科工館「大手牽小手」活動幫助弱勢中低收入戶學生免費多次參觀科工館。
第11屆於99年3月5日成立，由王進陽接任理事長，在他任內首度與高雄市政府共同舉辦了「2012 KIIS第七屆高雄國際儀器展」、同時與儀器展活動搭配, 舉辦「2012第一屆儀器精品選拔」、「碩博士研究論文壁報比賽」；除了提供業界及研究生一個新的創新平台, 也增添儀器展更多優質內容。為鼓勵會員子女向學，鍛鍊強健體魄，王理事長連續三年於柴山頒發獎學金, 希望學子除了讀書, 仍需注重體能。本會理監事愛心不落人後，多次響應了科工館「點亮綠博平安燈、百萬關懷弱勢情」公益扶弱的捐助活動。
第12屆於102年3月1日組成，洪水添理事長雄才大略。 甫上任即組織台灣參展團赴北京、上海等地參展，得到參展廠商熱烈迴響。102年適逢本會創會60周年，全體理監事上下一心, 籌劃一系列的慶祝活動，6月1日於高雄地標-夢時代舉辦60周年慶祝晚會，嘉賓雲集，熱鬧非凡。也為提昇會員企業經營與儀器相關技術講習，舉辦了八場會員研習課程。「會員福利卡」與不少餐廳、飯店等簽約，爭取折扣。為減少會員開支，增取會員福利。也於105年與經濟日報合作共同主辦【2015第八屆高雄國際儀器展】有300家廠商、500 個攤位。也於展館舉辦六場儀器研討會、儀器精品展出、碩博士研究論文壁報比賽等，獲得相當好評。
第13屆於105年2月26日會員大會選出羅文正擔任本屆理事長，期間成功舉辦『2018高雄國際儀器暨化工展』研究論文壁報比賽、儀器精品獎；也協助國內的同業以台灣展區名義進軍國際的一些展會，像Analytical上海、CISILE中國國際科學儀器、北京BCEIA分析測試學術報告會暨展覽會、越南分析生物科技實驗室展會.....也與台北儀器商業同業公會一起受邀參與日本東京國際分析儀器和科學儀器展JASIS的開幕儀式及參訪的行程。其他例行的活動像頒發子女獎學金、公會旅遊均在和諧順利的氣氛下完成。
第14屆期間雖因疫情導致多項活動延期或停辦，在郭鵬成理事長帶領下仍完成許多工作如「第四屆儀器精品選拔活動」、與中信金融管理學院為「參與國家發展委員會與地方創生南區輔導中心委託辦理計畫案」簽訂合作意向書，並組織業界、會員參與「台灣智慧農業週」、2021亞洲工業4.0暨智慧製造系列展覽活動台灣國際雷射展等；疫情初期口罩荒，本會特別向主管機關申請業務需求的醫療口罩，紓解會員的燃眉之急。同時也極力爭取在儀器從業人員優先施打疫苗權；另因疫情因素已二度延期的「高雄國際儀器化工展」，終將如期舉辦，而全國性的「研究論文壁報比賽」及「第四屆儀器精品選拔活動」，得獎作品也將於展覽中一併展出。年終號召會員與理監事捐助小天使家園與青山育幼院等社福團體共10餘萬元。
111年3月吳俊彥先生眾望所歸，高票當選第15屆理事長，張學正先生當選常務監事；洪榮義先生與徐嘉隆先生兩位當選常務理事。另有多位生力軍加入理監事團隊。吳俊彥理事長參與會務多年，社團經驗豐富，強調未來三年, 將秉持著『熱心、積極、創新』的理念，為會員創造更多商機, 增加更多福利。必能讓公會更加蓬勃發展，邁向另一個里程碑。
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